Головна клінічна база кафедри - міська онкологічна лікарня (КМОЛ), яка знаходиться по вул. Верховинній,69. Клініка забезпечена сучасним медичним обладнанням. Базовим відділенням є відділення абдомінальної хірургії. Керівником клініки абдомінальної хірургії КМОЛ з лікувальної та науково-педагогічної роботи є завідувач кафедри професор Мясоєдов С.Д., який несе повну відповідальність за всі види діяльності кафедри та клініки. Співкерівником клініки з питань клінічної фармакології, фітотерапії і фармацевтичної опіки є професор Войтенко Г.М. Клініка здійснює свою діяльність, виходячи з основних напрямків, які визначені у відповідності з профілем кафедри НУОЗУ ім. П.Л. Шупика у приміщеннях клінічного закладу. Проф.Войтенко Г.М. , доценти Степаненко В.В. та Тимченко О.Г. здійснюють консультації з питань клінічної фармакології, фітотерапії та фармацевтичної опіки у відділенні абдомінальної хірургії, поліклініки КМОЛ.
Другою клінічною базою є фітоаптека за адресою вул. Воровського,5. На базі Аптеки проводиться навчання лікарів-спеціалістів та провізорів-спеціалістів за програмами, затвердженими МОЗ України, дослідження лікувальної ефективності нових фітопрепаратів, консультативні прийоми для відвідувачів Аптеки у визначений день (п’ятниця), надається співробітникам Аптеки необхідні фахові консультації з питань фармакокінетики, фармакодинаміки, та взаємодій ліків та БАДів, що є в асортименті Аптеки.
Третьою клінічною базою є українсько-американський Навчально-практичний центр сімейної медицини Дарницького району м. Києва МОЗ України, де проводиться навчання лікарів-спеціалістів та провізорів-спеціалістів за програмами, затвердженими МОЗ України, здійснюються консультативні прийоми для відвідувачів.
Четвертою клінічною базою є дитяча поліклініка №4 Подільського району м. Києва МОЗ України, де проводиться навчання лікарів-спеціалістів та провізорів-спеціалістів за програмами, затвердженими МОЗ України, здійснюються консультативні прийоми для відвідувачів.
