Кафедра інфекційних хвороб організована в 1934 році. До складу кафедри ввійшли асистенти Л.Д. Рабінович та Б.М. Єрусалимський.
Першим завідуючим кафедрою був призначений відомий науковець профессор Анатолій Матвійович Зюков (1886-1953), який на той час також очолював кафедру інфекційних хвороб Київського медичного інституту.
В 1911 році він закінчив медичний факультет із званням "Лекаря с отличием". В 1912 році А. М. Зюков почав працювати в клініці лікарської діагностики, проте в 1914 році був мобілізований до армії, де перебував на посаді молодшого лікаря піхотного полку. В 1918 році повернувся до Києва і почав працювати ординатором в терапевтичній університетській клініці. А. М. Зюков став працювати старшим асистентом в факультетській клініці під керівництвом Ф. Г. Яновського і дуже швидко отримав курс приват-доцента з хвороб обміну речовин. Він тривалий час працював в цій клініці над проблемою ниркової патології і став відомим завдяки своїм дослідженням присвяченим ураженню нирок при грипі під час відомої пандемії «іспанки», яка в світі забрала життя приблизно 80 мільйонів людей.
У 1927 році за фундаментальну працю «Обмін води в організмі» А.М. Зюкову був присвоєний вчений ступінь доктора медичних наук. Захист дисертації відбувся при Українській академії наук. Наступного року праця була видана як монографія. Після смерті Ф.Г. Яновського А.М. Зюков одночасно з кафедрою «інфекційних недуг» завідував кафедрою фармакотерапії протягом учбового року 1928/29. З 1935 року А.М. Зюков одночасно завідує двома кафедрами інфекційних хвороб (Київського медичного інституту та Київського інституту удосконалення лікарів) та працює консультантом клінічної бази Інституту експериментальної біології та патології, яким в ті роки керував академік О. О. Богомолець.
Під керівництвом А.М. Зюкова проводилося цілеспрямоване вивчення патогенезу, діагностики та удосконалення лікування найбільш поширених того часу інфекційних хвороб – черевного та висипного тифу, дизентерії, гельмінтозів. Вперше обґрунтовано та запропоновано використання для лікування скарлатини, дизентерії, черевного тифу донорської крові. Під керівництвом А.М. Зюкова було підготовлено 3 доктори наук, в тому числі, й майбутній завідувач кафедри Г.І. Хоменко. У період з 1927 по 1953 роки під керівництвом професора А.М. Зюкова були захищені більше 20 дисертацій, видана низка монографій, присвяченим важливим проблемам інфекційних хвороб - «Кишкові інфекції», «Скарлатина», «Грип», «Гельмінтози людини», «Паразитарні тифи», «Дизентерія». Перший підручник «Гострі інфекційні хвороби та гельмінтози людини» (1941) для студентів медичних вузів був написаний А.М. Зюковим та його талановитим сподвижником Б.Я. Падалкою. Проводилась широка консультативна робота в Києві та периферії. Кафедра надавала серйозну допомогу місцевим органам охорони здоров’я в протиепідемічних заходах. А.М. Зюковим надруковано 68 наукових праць.
Після відновлення в 1945 році роботи Київського інституту удосконалення лікарів, наступником А. М. Зюкова на посаді завідуючого кафедри інфекційних хвороб був обраний відомий вчений та клініцист професор Борис Якович Падалка (1883-1964). Б. Я. Падалка народився в 1883 році, в 1908 році закінчив фізико-математичний факультет Петербурзького університету, а в 1912 році – медичний факультет Московського університету. Вихованець київської терапевтичної школи, він з першого дня існування працював старшим асистентом на кафедрі інфекційних хвороб Київського медичного інституту. Вже в 1930 році він стає доцентом, читає лекції студентам педіатричного факультету. В 1936 році Б. Я. Падалка отримує ступінь кандидата медичних наук. В 1938 році його обирають професором кафедри інфекційних хвороб 2-го київського медичного інституту, де він продовжував працювати. В 1940 році він захищає докторську дисертацію "Лікування черевного тифу". Цей період в житті кафедри характеризувався поглибленим вивченням клінічних ознак найбільш поширених інфекційних хвороб та розробкою новітніх методів їх діагностики та лікування, що знайшло відбиток в дисертаційних працях співробітників кафедри. Під керівництвом Б.Я. Падалки було захищено 9 кандидатських дисертацій.
За роки завідування Б.Я. Падалка зміцнилась матеріальна база кафедри, розширився також її викладацький склад. До 1953 року на кафедрі працювали 2 доцента – В.Я. Ященко і Б.М. Єрусалимський та 2 асистента – А.І. Ненікова-Богданович та І.Г. Кубасов.
З 1953 р. по 1968 р. кафедру інфекційних хвороб очолює доктор медичних наук, профессор Григорій Ігнатович Хоменко, учень професора А.М. Зюкова. За видатну працю «Лікування бацилярної дизентерії» Г. І. Хоменко була присвоєна ступінь доктора медичних наук без захисту дисертації.
З 1969 по 1988 рік кафедрою інфекційних хвороб завідує професор Іван Корнійович Мітченко. В цей же час до складу кафедри входять: доценти М.І. Слободянюк і В.М. Плетньов, асистенти І.Г. Кубасов, Д.О. Бугера, І.Г. Семенченко, А.М. Голубенко. З 1960 року на кафедрі почала функціонувати лабораторія, в якій працювало 4 співробітника: старший лаборант, 2 лаборанти та препаратор.
З 1988 по січень 2010 рік кафедру очолював доктор медичних наук, профессор Василь Васильович Гебеш. В. В. Гебеш народився у 1938 р. на Закарпатті, в 1962 р. закінчив медичний факультет Ужгородського університету. В 1962–1965 рр. завідував інфекційним відділенням Волівецької районної лікарні Закарпатської області. З 1965 р. працював в НДІ інфекційних хвороб: – аспірантом (1965 – 1968 рр) відділу нейроінфекцій, в подальшому – молодшим та старшим науковим співробітником і завідувачем клініки цього ж НДІ. В 1968 р. захистив кандидатську, а в 1983 р. – докторську дисертації.
Починаючи з 1965 року В. В. Гебеш працював в багатьох епідемічних вогнищах інфекційних хвороб, включаючи особливо небезпечні, на території СНД. В 1995 році, після епідемічного спалаху холери в м. Миколаїв, за дорученням ВООЗ співробітники кафедри під керівництвом В. В. Гебеша проводили семінар з особливо небезпечних інфекцій. Плідною була співпраця з Європейським центром боротьби з ВІЛ/СНІД.
Професор В. В. Гебеш – автор понад 500 наукових праць з актуальних питань інфекційних хвороб, теорії та методології навчання. Під керівництвом Василя Васильовича та за його безпосередньої участі створені програми та навчальні плани для передатестаційного циклу та циклів тематичного удосконалення (ТУ – 2, 6, 7), спеціалізації та інтернатури за фахом «Інфекційні хвороби», а також комп’ютерна тестова програма для навчання та контролю знань для лікарів-інфекціоністів всіх кваліфікаційних категорій та інтернів. В. В. Гебеш нагороджений медалями, отримав звання "Відмінник охорони здоров’я", та "Відмінник освіти України". Неодноразово нагороджувався грамотами, має багато подяк від університету та закладів практичної охорони здоров’я.
За період завідування проф. В. В. Гебеша значно зміцнилась матеріальна база кафедри, оновився її викладацький склад, було введене тематичне удосконалення для лікарів-інфекціоністів та лікарів інших спеціальностей. До складу кафедри ввійшли нові викладачі В.С. Топольницький, О.М. Дегтяренко, В.П. Галузинський, Ю.О. Сухов, Ю.О. Жигарєв, А.П. Голуб, М.В. Окружнов.
З 2010 року (cічня) кафедру очолює доктор медичних наук, професор Олександр Костянтинович Дуда.
Професорсько-викладацький склад кафедри інфекційних хворобв теперішній час: завідувач кафедри, д.мед.н., професор Дуда О.К, завуч кафедри, к.мед.н., доцент Бойко В.О., доцент, к.мед.н. Сухов Ю.О., доцент, к.мед.н. Печінка А.М., доцент, к.мед.н. Голуб А.П. асистент, к.мед.н. Коцюбайло Л.П.