У 1965 році згідно з наказом Міністерства охорони здоров’я СРСР при Київському державному інституті удосконалення лікарів була організована кафедра дієтології на базі терапевтичного відділення Міської клінічної лікарні № 6 “Медмістечко”. З 1971 року кафедру перейменовано на кафедру гастроентерології та дієтології, з 2007 – гастроентерології, дієтології і ендоскопії.
Першим керівником та організатором кафедри була професор Говорова М. С. (1914-1973).
З 1974 по 1990 рік кафедру очолював доктор медичних наук, професор Федишин П.С. (1921-1991).
З 1990 по 1997 рік кафедрою завідувала доктор медичних наук, професор І.І. Дегтярьова.
З 1997 року кафедру очолює член-кор. НАМН України, професор Н.В. Харченко. Н. В. Харченко є членом президії Української гастроентерологічної асоціації (УГА), керівником комітету з освіти УГА, головою Київського регіонального відділення УГА, віце-президентом Асоціації дієтологів України, членом Всесвітньої та Європейської Асоціації Гастроентерології, Ендоскопії та Нутриціології, експерт МОЗ України за напрямом «Гастроентерологія», очолює групу аудиторів НУОЗ України імені П.Л. Шупика.
З 1999 року під керівництвом професора Н.В.Харченко була організована та щорічно проводиться Національна Школа гастроентерологів та гепатологів України.
Сесії Школи проводяться разом з Європейською Асоціацією Гастроентерології, Ендоскопії та Нутриціології – EAGEN (European Assocіatіonfor Gastroenterology, Endoscopyand Nutrіtіon), Всесвітньою Гастроентерологічною Асоціацією – WGO (World Gastroenterology Organisation) та користуються великим авторитетом серед лікарів.
При кафедрі гастроентерології, дієтології і ендоскопії був створений та працює науково-медичний гастроентерологічний консультативний центр МОЗ України, який надає консультативну допомогу хворим та науково-методичну допомогу лікарям з питань гастроентерології та дієтології.
Співробітники кафедри приймають активну участь в організації та проведенні вітчизняних з’їздів, конгресів, симпозіумів, науково-практичних конференцій, беруть участь у роботі Європейського гастроентерологічного тижня, інших міжнародних конгресів та симпозіумів.
Співробітники кафедри проводять велику лікувальну та консультативну роботу і добре відомі як в нашій країні, так і за кордоном. Під керівництвом професора Н.В. Харченко та за активної участі співробітників кафедри розроблено клінічні настанови та уніфіковані клінічні протоколи з надання медичної допомоги хворим гастроентерологічного профілю, які затверджені МОЗ України.
Кафедра гастроентерології, дієтології і ендоскопії є єдиною в Україні кафедрою клінічної дієтології, яка на високому науковому рівні займається індивідуальною корекцією харчового раціону при різних порушеннях обміну речовин, різноманітних захворюваннях. Окремим напрямком роботи є профілактична гастроентерологія та дієтологія.
Кафедра гастроентерології, дієтології і ендоскопії є провідною в системі післядипломної освіти. Кафедра як опорна за спеціальностями «Гастроентерологія» та «Дієтологія» здійснює великий обсяг навчально-методичнуої та організаційної роботи. Розробляються, постійно оновлюються навчальні плани плани та програми циклів для навчання лікарів-гастроентерологів та лікарів-дієтологів. Під керівництвом та за участі співробітників кафедри підготовлені та видані національні підручники з гастроентерології та дієтології, навчальні посібники, методичні рекомендації та інша навчально-методична література.