Кафедру організовано в 1968 році на базі реорганізованої кафедри «військово-медичної підготовки», як курс «медичної служби цивільної оборони» (МСЦО).

Першим завідуючим курсом з 1968 по 1970 рр. був доцент Давигора Микола Дмитрович.

З 1970 по 1971 рр. обов’язки завідуючого кафедрою виконував доцент Ходзицький Василь Георгійович.

В 1971 р. курс МСЦО було реорганізовано в кафедру. З 1971 по 1986 рр. завідуючим кафедрою був старший науковий співробітник М.П. Котляревський.

З 1986 по 1989 рр. кафедру очолював доктор медичних наук В.Г. Машковський, а з 1989 по 1996 рр. –доцент М.В. Нацюк.

У 1990 р., згідно постанови уряду, кафедру «МСЦО» було реорганізовано у кафедру «медицини катастроф».

З 1996 р. кафедру очолює доктор медичних наук, професор Г.Г. Рощін. Кафедрі було надано статус клінічної.

З 1998 р. кафедра стає опорною по профілю серед вузів післядипломної освіти.

У 2015 р., згідно з рішенням вченої ради НМАПО імені П.Л. Шупика (нині - НУОЗ України імені П.Л. Шупика) та листа МОЗ України, назву кафедри було змінено: з кафедри «медицини катастроф» на кафедру «медицини катастроф та військово-медичної підготовки».