Наукова бібліотека є структурним підрозділом Національного університету охорони здоров'я України імені П. Л. Шупика, елементом освітньої, наукової, інформаційної інфраструктури провідного світового лідера галузі з післядипломної освіти. Заснована одночасно з Клінічним інститутом удосконалення лікарів у 1918 році, основою фондів якої стали видання з приватних колекцій видатних вчених-медиків того часу, співробітників академії – професорів Г. Ф. Писемського, Г. Б. Биховського, О. Б. Беренштейна, О. Г. Лур’є, В. Х. Василенка та інших. До 1941 року книгозбірня мала вже фонд у 4000 одиниць примірників.
Друга світова війна стала наслідком науково-культурного катаклізму XX сторіччя. З початком війни та тимчасової гітлерівської окупації Києва інститут припиняє свою діяльність, його навчальна, матеріальна бази, а також бібліотека знищуються. Але вже через два тижні після звільнення Києва інститут відновлює свою роботу. В 1944 році почали діяти кафедри хірургії, нейрохірургії, ортопедії, травматології. Повернулась до роботи і бібліотека.
В одній маленькій кімнаті, поряд з робочим місцем бібліографа та абонементом, розташовувалося книгосховище на 8200 одиниць примірників. Робочих місць для користувачів не було.
Незважаючи на брак коштів для закупівлі літератури, комплектувати фонд вдавалося завдяки закупці книг та періодики через мережу гуртової торгівлі РО «Укркнига» та оптово-роздрібну мережу зі спеціалізованими організаціями: «Академкнига», «Ленфонд», «Медкнига» та магазинами передплатних видань. Крім того, бібліотека отримувала збірники наукових праць інститутів, клінік і лікарень Москви, Ленінграда, Куйбишева, Львова та інших міст.
У середині 50-х років відбулися суттєві зміни в довідково-бібліографічній та організаційній роботі бібліотеки. Впроваджено алфавітний та систематичний каталоги, почали наповнюватись бібліографічні картотеки та складатись списки рекомендованої літератури тощо. У 1953 році, після об’єднання Київського інституту удосконалення провізорів з Клінічним інститутом, відбулось злиття фондів їх бібліотек. Під єдину бібліотеку було виділено приміщення із шести кімнат в Київській обласній клінічній лікарні, загальною площею у 80 м2, а її фонд склав 34227 примірників. Забезпечення лікарів-курсантів навчальною літературою відбувалося відповідно до замовлень викладачів кафедр. Передплата на профільні періодичні видання зросла до 105 назв.
У 1965 році бібліотека отримала нове приміщення загальною площею у 350 м2 по вулиці Дорогожицька,9. У 2006 році був проведений капітальний ремонт та реорганізація приміщень бібліотеки, загальна площа якої стала 516м2.
На сьогодні в бібліотеці функціонують три книгосховища, абонемент, читальний зал на 35 місць. Фонд бібліотеки постійно поповнюється новою літературою з видавництв, книжкових магазинів, та авторами- співробітниками академії. Нова література індексується та описується в електронному каталозі та вноситься до карткових каталогів. До послуг читачів у читальному залі відкрито доступ до всесвітньої інформаційної мережі Інтернет, встановлено Wi-Fi ; 14 місць обладнані комп’ютерною технікою, що дає можливість читачам одержувати інформацію в зручному для них форматі.
Щорічно бібліотеку відвідує понад 5 тис. фахівців: слухачі циклів ТУ спеціалізації та стажування, лікарі-інтерни, клінічні ординатори, аспіранти, магістри, наукові, науково-педагогічні, педагогічні працівники та співробітники допоміжних структурних підрозділів університету, лікарі міста Києва. Кожному читачеві надається можливість користуватися безцінними виданнями із фонду бібліотеки, що багатоаспектністю розкривається через систему електронного каталогу, та відображені в паперових алфавітному і систематичному каталозі книг, авторефератів, дисертацій, методичних рекомендацій, предметному каталозі журнальних статей, а також в картотеці наукових праць співробітників академії. Постійно діючі виставки в приміщенні бібліотеки («Нові книги», Нові журнали», «Нові надходження неопублікованих видань») змінюються новими виданнями, які надходять до бібліотеки. Література, яка представлена на виставках, які готуються до ювілейних дат, у дні проведення розширених засідань Вченої ради університету, має великий попит серед медичних працівників. Особливу увагу привертає до себе постійно діюча виставка «Праці співробітників НУОЗ України імені П. Л. Шупика».
Працівники університетської бібліотеки постійно працюють над впровадженням нових прогресивних технологій та моделей бібліотечного розвитку, модернізуючи традиційні заходи та шукають нові форми роботи з читачами, ресурсами, інформацією та намагаються негайно реагувати на внутрішньо університетські трансформаційні процеси та інновації у суспільстві.