Університет бере свої витоки за часів правління гетьмана П. Скоропадського, яким у 1918 році було створено перший і новий в Україні медичний заклад вищої освіти з українською мовою викладання - Клінічний інститут для удосконалення лікарів, за ініціативи саме української медичної громадськості професійної Спілки київських лікарів, передові представники якої, незважаючи на всі труднощі тих часів, вбачали в організації підвищення кваліфікації лікарів одне з невідкладних завдань свого часу. Із самого початку діяльності Клінічний інститут для удосконалення лікарів мав у своєму розпорядженні поліклініку з обслуговування на дому і амбулаторію для хворих, аптеку та хіміко-бактеріологічну лабораторію. Таким чином, освіта лікарів проводилась поряд з наданням медичної допомоги.

Відокремлений підрозділ «Університетська лікарня №1 НУОЗ України імені П. Л. Шупика», утворений згідно з рішенням вченої ради НУОЗ України імені П.Л. Шупика від 09.04.2025 (протокол № 4), яке введено в дію наказом НУОЗ України імені П.Л. Шупика від 14.04.2025 № 1898 «Про утворення, реорганізацію, ліквідацію та перейменування структурних підрозділів».

Відокремлений підрозділ «Університетська лікарня №1 НУОЗ України імені П. Л. Шупика» утворено шляхом злиття:

- відокремленого підрозділу «Стоматологічний практично-навчальний медичний центр НУОЗ України імені П.Л.Шупика»;

- відокремленого підрозділу «Клініка репродуктивних технологій НУОЗ України імені П. Л. Шупика »;

- відокремленого підрозділу «Експертно-аналітичного медичного центру молекулярної генетики НУОЗ України імені П. Л. Шупика».