Клінічною базою кафедри функціональної діагностики з 2008 року є ДУ «Інститут серця МОЗ України» (до 2013 року – КМКЛ «Київський міський центр серця»), який очолює член-кореспондент НАМН України, Головний позаштатний спеціаліст ГУОЗ КМДА з хірургії серця і магістральних судин, доктор медичних наук, професор Борис Михайлович Тодуров. 

Співробітники кафедри працюють у клініко-діагностичному відділенні Інституту серця, здійснюють навантажувальні проби, трансторакальну і черезстравохідну ехокардіографію, добове моніторування ЕКГ і артеріального тиску, тощо. Викладачі кафедри виконують значну консультативну роботу у відділенні лікування порушень серцевого ритму та інших відділеннях Інституту серця. 

Важливою складовою співпраці кафедри та клінічної бази є проведення науково-практичних конференцій спільно зі співробітниками Інституту серця. Учасниками цих конференцій є слухачі кафедри, співробітники Інституту серця, а також інших лікувально-профілактичних установ м. Києва і регіонів України. Найважливішими подіями є щорічні реєстрові конференції національного і міжнародного рівня «Дні аритмології в Києві», «Функціональна діагностика серцево-судинних хвороб», «Актуальні аспекти кардіології і кардіохірургії».

На базі кафедри та Інституту серця функціонує Всеукраїнська асоціація фахівців з аритмології і електрофізіології серця, яка видає науково-практичний журнал «Кардіохірургія та інтервенційна кардіологія» (головний редактор – Б.М. Тодуров, заступник головного редактора – О.Й. Жарінов).